Análisis de datos en R

  • Formateo y combinación de
  • Gráficos con ggplot2 
  • Análisis estadísticos (PCA, correlación, clústering, etc) 
  • Creación de funciones y paquetes ad hoc
  • Manejo de secuencias
  • Descarga de genomas

Alineamientos y búsqueda de Homólogos

  • Online BLAST
  • Stand-alone BLAST (versión offline) 
  • All versus all BLAST 
  • Bidirectional best hit
  • PSI BLAST
  • Obtener el pangenoma y core en un grupo de genomas. 
  • Búsqueda de proteínas y dominios con HMMER 

RNASeq

  • Análisis de novo 
  • Mapeo de reads
  • Creación de tabla de conteo
  • Análisis de muestras con DESeq2.
  • Análisis de datos de expresión en general.
  • Coexpresión

Análisis filogenéticos

  • Árbol de genomas utilizando múltiples genes (Multilocus Sequences Analysis)
  • Árbol con genes conservados
  • Árbol con familia de proteínas
  • Cálculo de la Identidad Nucleotídica Promedio (ANI)

Genómica

  • Ensamblado de novo y con genoma de referencia
  • Control de calidad (FastQC)
  • Anotación (RAST, Prokka, Blast2GO, AUGUSTUS, etc)

Otros

  • Instalación, configuración y uso de Linux junto con su línea de comandos (bash, ssh, vim, tmux, etc.)
  • Utilización del HPC CLUSTER CCT (http://cluster.rosario-conicet.gov.ar)
  • Clusterización funcional de genomas
  • Instalación de programas remotamente

Programas:

  • RAxML
  • Clustal
  • mafft 
  • gBlock
  • OthoANI 
  • HMMER
  • PhyloLM 
  • ITOL 
  • Mauve
  • MEGA