FruitGeneDB es una base a datos ómicos. Contiene genes de diferentes especies sensibles al tratamiento térmico (HT, heat treatment) en la tabla HTds y expresados en diferentes etapas poscosecha en las tablas FEds. El HT es conocido por reducir los efectos negativos del daño por frío (CI, chilling injury) debidos a la refrigeración (CS, cold storage) poscosecha de los frutos. FruitGeneDB posee gran potencial para estudios funcionales, en la identificación y caracterización de nuevos actores moleculares de cada etapa poscosecha.
cisAnalyzer es una herramienta de Perl y R que evalúa presencia, localización y enriquecimiento de elementos cis de ADN/ARN o peptídicos, en grupos de secuencias candidatas. Reporta los resultados clásicos de las búsquedas y genera e ilustra análisis subsiguientes que revelan información centrada en los motivos o en el grupo de secuencias candidatas analizados. El usuario puede buscar elementos cis conocidos, sus propios motivos de cualquier especie o descubrir nuevos motivos a través del análisis de enriquecimiento de patrones lineales en su grupo de secuencias candidatas.
Referencia: Gismondi M et al. (2020) Generation of fruit postharvest gene datasets and a novel motif analysis tool for functional studies: uncovering links between peach fruit heat treatment and cold storage responses. Planta. 251(2):53. DOI: https://doi.org/10.1007/s00425-020-03340-2
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El éxito de los programas de fitomejoramiento se refleja en su capacidad para seleccionar genotipos con buena adaptación y estabilidad a la región productora. En etapas avanzadas de estos programas comúnmente se llevan a cabo ensayos multiambientales (EM) que son esenciales para el estudio de la interacción genotipo-ambiente (IGA), la cual complejiza la selección de cultivares superiores. Conceptos importantes tales como mega-ambientes, adaptación específica y estabilidad se pueden analizar a partir de la IGA.
Geneticae Shiny Web APP es una aplicación que proporciona una interfaz gráfica de usuario para el análisis de datos de EM, que no requiere experiencia previa en programación. Se trata de un software interactivo, no comercial y de código abierto, que ofrece una alternativa gratuita al software comercial disponible. Se basa en el paquete de R geneticae, creado con el propósito de reunir en un solo entorno las herramientas más útiles para el análisis de la IGA, como así también para implementar nueva metodología recientemente publicada en la literatura.
Contacto: jangelini_93@hotmail.com / angelini@cefobi-conicet.gov.ar